Министерският съвет прие Решение за изменение на Националния план за противодействие на тероризма, приет на 26 ноември 2008 г. Промените се налагат заради новата структура на Министерския съвет, която доведе до необходимостта от актуализация на отговорните за изпълнение на мерките по Националния план за противодействие на тероризма ведомства. Така например Министерство на икономиката се преобразува в Министерство на икономиката, енергетиката и туризма, Министерство на транспорта в Министерство на транспорта, информационните технологии и съобщенията, а Министерство на образованието и науката в Министерството на образованието, младежта и науката. Министерството на извънредните ситуации беше закрито, а негов правоприемник стана Министерство на вътрешните работи. Друга промяна, която се налага с промените в ЗМВР и Правилника за прилагането му е свързана с отмяна на разпоредбите относно дирекция „Жандармерия” и създаването на дирекция „Специализирани полицейски сили” към главна дирекция „Охранителна полиция”. С приемането на нов Закон за отбраната и въоръжените сили през 2009 г. и последвалите негови изменения, както и промените в подзаконовите актове, регулиращи материята, се променя и уредбата относно „Генералния Щаб на Българската армия”, който се преобразува съответно в „Щаб на отбраната”. С друго решение правителството одобри изменения в подзаконови актове на Министерския съвет в резултат от приетата с Решение на 41-то Народното събрание от 27 юли 2009 г. нова структура на Министерския съвет и закриването на Министерството на държавната администрация и административната реформа.