Новият устройствен правилник премахва съществуването на звена със сходни функции и обединява други, които биха били по-ефективни, ако работят заедно. Целта е оптимизиране на структурата на ведомството и регламентиране на функциите на неговите звена. Съкращава се броят на служителите в министерството. Числеността на персонала се намалява до 343 щатни бройки (от 372). В общата администрация ще работят 95 служители, а в специализираната – 210. Общата администрация е организирана в четири дирекции – „Бюджет и счетоводство”, „Управление на човешките ресурси и процесуално представителство”, „Канцелария, протокол и връзки с обществеността” и „Административни дейности”. Специализираната администрация е съставена от 11 дирекции. Те са „Стратегическо планиране и управление на медицинските дейности”, „Планиране и управление на общественото здравеопазване”, „Национална лекарствена политика”, „Оперативни приоритети”, „Наркотични вещества”, „Нормативно регулиране на здравеопазването”, „Управление на проекти и програми и международно сътрудничество”, „Управление на специализирани донорски програми”, „Преструктуриране и публично-частно партньорство”, „Електронно здравеопазване”, „Методология на финансиране в здравеопазването”.