Управляващият орган на Оперативна програма „Транспорт"набеляза основните приоритети в работата си за 2009 година. Главните приоритети са насочени основно в пътния и железопътния сектор. Това са проектите „Електрификация и реконструкция на жп линия Свиленград - Турска граница", Автомагистрала „Струма" - Лот 1 и Лот 4, Автомагистрала „Марица", връзката на автомагистрала „Хемус" с Околовръстния път на София.
Оперативна програма „Транспорт" и Оперативна програма „Околна среда" бяха едни от първите програми, одобрени от Европейската комисия. Именно тези две програми усвояват значителна част от средствата, отпускани от Европейските и Кохезионния фондове в България.
Стартирането на реалните строителни работи по проекта за разширението на метрото в София е един от безспорните успехи на Оперативна програма „Транспорт" за 2008 г. Подготвителната работа по проекта е започнала още през 2006 г., когато трябваше да се обоснове включването му за финансиране от Оперативна програма „Транспорт".
Докато през месец юни 2008 г. подписаните договори са били на стойност 73 млн. лева, към декември месец те са вече 1 млрд. 786 млн. лева.
Ръководителят на Управляващия орган Нели Йорданова определи изминалата 2008 г. като белязана с много трудности, но и с много успехи.За разлика от останалите оперативни програми, ОП „Транспорт" няма и не обявява схеми за набиране на оферти, избор на бенефициенти, което поставя програмата малко встрани от интереса на широката публика. „Това, което трябва да постигнем с ОП „Транспорт" след изграждането на големите инфраструктурните проекти, ще бъде напрактика доказателство, че широката публика ще е най-големият ни бенефициент, защото именно тя ще ползва тази инфраструктура", подчерта Нели Йорданова.
Асен Антов, заместник-изпълнителен директор на Национална агенция „Пътна инфраструктура", и Мария Чакърова, директор на Дирекция „Стратегическо развитие и инвестиционна политика" в Национална компания „Железопътна инфраструктура", представиха подробно проектите в пътния и железопътния сектор, предвидени за финансиране по ОП „Транспорт". Те набелязаха и основните затруднения, срещани при подготовката и изпълнението им - забавените отчуждителни процедури, липсата на достатъчно експертен състав, както и подценяването на подготвителните етапи при подготовката на инфраструктурните проекти.