1. Национална научна програма „Информационни и комуникационни технологии за единен цифров пазар в науката, образованието и сигурността“ (ИКТ в НОС)2. Национална научна програма „Нисковъглеродна енергия за транспорта и бита“ (ЕПЛЮС)3. Национална научна програма „Опазване на околната среда и намаляване на риска от неблагоприятни явления и природни бедствия“4. Национална научна програма „Здравословни храни за силна биоикономика и качество на живот“5. Национална научна програма „Културноисторическо наследство, национална памет и обществено развитие“ (КИННПОР)6. Национална научна програма „Електронно здравеопазване в България“ (е-здраве)7. Национална научна програма „Репродуктивните биотехнологии в животновъдството в България“ (РЕПРОБИОТЕХ)8. Национална научна програма „Млади учени и постдокторанти“9. Национална научна програма „Иновативни нискотоксични биологично активни средства за прецизна медицина” (БиоАктивМед) С Решение № 339 на Министерския съвет от 03.05.2023 г. е изменена Национална научна програма "Опазване на околната среда и намаляване на риска от неблагоприятни явления и природни бедствия", като срокът за изпълнението ѝ е удължен до 31 декември 2024 г.
