Целта на програмата е опазване територията на България от внос на заразни болести и реагиране при събития, представляващи заплаха за общественото здраве чрез осигуряване на бързи и ефикасни действия в случаите на опасност и спешност за общественото здраве от международно значение (по смисъла на Международните здравни правила (2005).