Административното и техническото обслужване и експертното осигуряване на съвета се осъществява от Главна дирекция "Стратегическо планиране на регионалното развитие и административно-териториално устройство" на Министерството на регионалното развитие.
Съветът по децентрализация на държавното управление първоначално е създаден с Решение № 540 на Министерския съвет от 19 юли 2006 г. и с Постановление № 282 на Министерския съвет от 27 ноември 2009 г.
С Постановление № 277 на Министерския съвет от 6 октомври 2011 г. съветът беше закрит и неговите функции, свързани с изпълнението на Стратегията за децентрализация и обсъждането на проекти на нормативни актове, които имат съществено отражение върху функциите и отговорностите на областните управители и на общините преминаха към Съвета за административната реформа.
С Постановление № 157 на Министерския съвет от 1 август 2013 г. съветът беше отново създаден и дейността му възстановена.