Ниво А:
- решава всички въпроси от координационен характер, които са в компетенциите на повече от едно министерство или ведомство;
- решава принципни въпроси на координацията при управлението на средствата от ЕС.
Ниво Б:
- съгласува съответните планове/доклади за изпълнение на предприсъединителните програми на ЕС/Кохезионния фонд по Регламент 1164/94, преходния финансов инструмент, инструмента "Шенген", фонд "Връщане", Европейския фонд за интеграция на трети държави, Европейския бежански фонд и фонд "Външни граници" (2010 - 2013 г.);
-разглежда и съгласува обобщен ежемесечен отчет, изготвен от Централното координационно звено и Националния фонд въз основа на утвърден от заместник министър-председателя образец за напредъка по изпълнението на програмите по т. 1 и 4;
- предлага на заместник министър-председателя корективни мерки за подобряване изпълнението на предприсъединителните програми/Кохезионния фонд по Регламент 1164/94, инструмента "Шенген", фонд "Връщане", Европейския фонд за интеграция на трети държави, Европейския бежански фонд и фонд "Външни граници" (2010 - 2013 г.), на оперативните програми, съфинансирани от Структурните фондове, Кохезионния фонд, Европейския земеделски фонд за развитие на селските райони, Европейския фонд за гарантиране на земеделието и Европейския фонд за рибарство, и на Програмата за развитие на селските райони за периода 2007 - 2013 г.;
- разглежда индикативните годишни работни програми на оперативните програми по смисъла на чл. 11, ал. 1 от Постановление № 121 на Министерския съвет от 2007 г. за определяне на реда за предоставяне на безвъзмездна финансова помощ по оперативните програми, съфинансирани от Структурните фондове и Кохезионния фонд на ЕС, и по Програма ФАР на ЕС (обн., ДВ, бр. 45 от 2007 г.; изм., бр. 38 и 61 от 2008 г.) и годишни доклади за изпълнението на оперативните програми и на мерките от Европейския земеделски фонд за развитие на селските райони, Европейския фонд за гарантиране на земеделието и Европейския фонд за рибарство, и на Програмата за развитие на селските райони за периода 2007 - 2013 г.;
- поставя за решаване пред съвета на ниво А конкретни проблеми, свързани с планирането, програмирането, изпълнението, наблюдението и контрола при управлението на средствата от ЕС;
- създава временни работни групи за изпълнение на конкретни задачи